A hidrogén molekulákfiziológiai szerepe embereknél
A hidrogén nem endogén módon termelt az emberi sejtekben, mivel az enzimek hidrogén aktivitása nem létezik az emberben. Azonban anaerob organizmusok a vastagbélben az energiájukat elsősorban szénhidrátok feltörésével szerzik be, főként növényi sejtek és a keményítők emésztetlen poliszacharid frakciójából hidrogénezéssel és hidrogént állít elő. Több mint 12 liter hidrogén termelődik naponta folyamatosan az emberi szervezetben normál fiziológiai feltételek mellett, elsősorban a nem emészthető szénhidrátok fermentációjával a mikrobiota által a vastagbélben. Ha egyszer cirkulációba került, a hidrogén csak tüdőn keresztül távozhat. Ezért, hidrogén formák kilégzése az alapja rutinszerűen használt kilégzési teszteknek a gasztrointesztinális tranzit és a vékonybélben lévő baktériumok elszaporodásának a felmérésére. Antibiotikumos kezelés megváltoztathatja a H 2 légzés tesztnek az eredményeit azáltal hogy csökkenti az anaerob H 2. termelő mikroorganizmusokat. A hidrogén az emberi szervezetből három úton keresztül ürülhet ki: szeleléssel, légzési kiválasztással a szisztémás keringésbe való felszívódás után, és vastagbél mikrobiota általi anyagcserével. Vastagbél baktériumok háromféle anyagcsere módszerrel semmisíthetik meg a hidrogént. Ezek csökkentik a hidrogént, hidrogén-szulfiddá 
a hidrogént metánná alakítják 
vagy acetát generálására használják a hidrogént.
Érdekességképpen egy friss tanulmány kimutatta, hogy a hidrogén az emberi testben szolgálhat jelátvételi modulátorként, mint más gáz-halmazállapotú jelző molekulák (például a nitrogénoxid (NO), a CO és 
és a hidrogént javasolták, mint a negyedik gáz jelző molekula.